يتفرد برنامج دكتوراه التربية الخاصة في الجامعة العربية الأمريكية كونه الأول والوحيد في فلسطين، ويمثل برنامجاً رائداً ومميزاً يساهم في إعداد باحثين وقيادات مبتكرة وكوادر بشرية مؤهلة ومتخصصة ومتمكنة معرفيًا ومهنيًا وأخلاقيًا لتلبية احتياجات المجتمع بكفاءة وفاعلية في ميدان التربية الخاصة، والمساهمة في إحداث التغيير الإيجابي على المستوى المحلي والعالمي، ونشر المعرفة والممارسات والبحوث ذات الجودة العالية وفق أحدث ما توصل له العلم. تتكون خطة البرنامج من 54 ساعة معتمدة (منها 24 ساعة مواد إجبارية و12 ساعة مواد اختيارية و18 ساعة للأطروحة). وترتكز موضوعاتها الأساسية على: تعليم ذوي الاحتياجات الخاصة في المدرسة العادية ويناقش القضايا والمشكلات المعاصرة في التربية الخاصة مثل: الإعاقات، وصعوبات التعلم، واضطرابات السلوك واضطراب طيف التوحد والتطبيقات الميدانية ذات العلاقة.
يمكن لخريجي برنامج الدكتوراه في التربية الخاصة العمل في أحد المجالات الآتية: